Hai ông Trần Văn Thanh (cựu tướng công an) và Dương Ngọc Tiến (cựu trung tá công an) đều đã gởi đơn lên giám đốc thẩm.

Ngày 29 tháng 12 năm 2010, báo Quân đội Nhân dân đưa tin Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao đã ra kháng nghị giám đốc thẩm yêu cầu đình chỉ vụ án đối với ông Trần Văn Thanh và tuyên bố ông vô tội với lý do không đủ căn cứ kết luận ông Trần Văn Thanh phạm tội.[16]

Trước đó, trong phiên xử phúc thẩm, Viện Phúc thẩm II thuộc Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao cũng đã từng kháng nghị tuyên ông Trần Văn Thanh không phạm tội và đình chỉ vụ án với bị cáo, tuy nhiên Tòa phúc thẩm Đà Nẵng đã không chấp nhận.[14]

Tại phiên tòa phúc thẩm xét xử lại ngày 22/06/2012, TAND Tối cao tại Đà Nẵng chấp nhận một phần kháng nghị của Viện KSND Tối cao, tuyên miễn tội, đình chỉ vụ án đối với ông Trần Văn Thanh. Tòa kết luận: ông Trần Văn Thanh bị truy cứu trách nhiệm hình sự với tội "Lợi dụng quyền tự do dân chủ, xâm phạm lợi ích Nhà nước, quyền và lợi ích của công dân" (theo Điểm 2, Khoản 2 Điều 258 Bộ luật Hình sự) là đúng. Tuy nhiên, đây là loại tội phạm ít nghiêm trọng, đồng thời theo luật đã hết thời hạn truy cứu trách nhiệm hình sự.[17]